Papa je prvi put posjetio Hrvatsku 10. i 11. rujna 1994. godine. U planu je bilo, da posjeti i Sarajevo i Beograd, ali to je otkazano. Papin zrakoplov sletio je na Pleso, gdje su ga dočekali tadašnji predsjednik Franjo Tuđman i zagrebački kardinal Franjo Kuharić.
Papa je te godine operirao kuk pa se nije mogao sagnuti i poljubiti zemlju, što je uvijek činio prilikom svakog posjeta nekoj državi. Stoga, mu je hrvatska zemlja prinesena u posudi kako bi je poljubio.
Nakon pozdravnih govora, papamobil ga je dovezao od Plesa do Zagrebačke katedrale a cijelim putem su ga pozdravljali mnogobrojni građani. Molio se na grobu kardinala Alojzija Stepinca u katedrali. Za njega je rekao, da je “najsvjetliji lik i istinski čovjek Crkve”.
Dan kasnije predvodio je sv. misu na zagrebačkom hipodromu, kojoj je prisustvovalo gotovo milijun vjernika, što je najposjećenija misa u hrvatskoj povijesti.
Poručio je okupljenim vjernicima, da imaju hrabrosti oprostiti i prihvatiti bližnjega, osloboditi srce od mržnje i osvete. Mlade je pozvao, da se odupru napasti nasilja i grade budućnost na suživotu, dijalogu i suradnji. Hrvatskom narodu poručio je, da postane vjeran kršćanskim korijenima. Otišao je iz Zagreba za Rim u popodnevnim satima.
